Các tổ chức chức tham mưu, tổng hợp

• Văn phòng[12]
• Vụ Tổ chức cán bộ.[12]
• Vụ Pháp chế.[12]
• Vụ Hợp tác quốc tế.[12]
• Vụ Giám sát, thẩm định và xử lý sau thanh tra[12]
• Vụ Kế hoạch, Tài chính và Tổng hợp[12]

Các tổ chức chức năng quản lý nhà nước

• Vụ Thanh tra khối kinh tế ngành (Vụ I)[12]
• Vụ Thanh tra khối nội chính và kinh tế tổng hợp (Vụ II)[12]
• Vụ Thanh tra khối văn hóa xã hội (Vụ III)[12]
• Cục Giải quyết khiếu nại, tố cáo và Thanh tra Khu vực I (Cục I).[12]
• Cục Giải quyết khiếu nại, tố cáo và Thanh tra Khu vực II (Cục II).[12]
• Cục Giải quyết khiếu nại, tố cáo và Thanh tra Khu vực III (Cục III).[12]
• Cục Chống tham nhũng, Thanh tra Chính phủ[12] (Cục IV).

Các tổ chức sự nghiệp

• Viện Khoa học thanh tra[12]
• Trường Cán bộ thanh tra[12]
• Báo Thanh tra[12]
• Tạp chí Thanh tra[12]
• Trung tâm Thông tin[12]
• Ban Quản lý dự án (Poscis)[12]
• Ban Tiếp công dân Trung ương[12]